Protéine Spike du variant delta de SARS-CoV-2 en interaction avec le récepteur cellulaire humain ACE2

Visualisation tridimensionnelle de la protéine Spike du variant delta de SARS-CoV-2, responsable de l’aggravation de la pandémie de Covid-19, en interaction avec le récepteur cellulaire humain ACE2. Les deux protéines, cellulaire (en haut) et virale (en bas), sont modélisées en interaction, chacune étant ancrée dans sa membrane respective. Les sucres (ou glycanes, en bleu foncé) sont également modélisés, car ils jouent un rôle important et constituent un écrantage à la reconnaissance des anticorps de notre système de défense immunitaire. L’objectif de ce modèle est de simuler, sur des calculateurs à haute performance comme le supercalculateur Jean Zay-GENCI, les mouvements conduisant à cette interaction et de mieux comprendre les mécanismes de reconnaissance et d’infection du virus. Les simulations, de dynamique moléculaire, sont effectuées sur un système comportant environ 5 millions d’atomes. Une animation, réalisée à l’aide du logiciel SAMSON, illustre la nature complexe des interactions entre les deux protéines (lien dans la rubrique "Voir aussi"). Ce travail fait partie d’un projet soutenu par le CNRS (INSB-Déclic), GENCI et la région Occitanie : SATT AxLR pour les aspects les plus appliqués (nouvelles thérapeutiques antivirales).