Protéines Assistées par Ordinateur

La conception de protéines assistée par ordinateur, à l'interface de la biochimie et de l'informatique, allie une approche théorique à une approche expérimentale. La connaissance de la structure des molécules protéiques, en permettant de mieux comprendre leur mode d'action, donne l'espoir de traiter un jour des malades au coeur même de leurs cellules, de leurs gènes, de leurs protéines.
Les fonctions et la constitution des protéines font l'objet d'une brève introduction en images de synthèse.
L'Institut de Biologie et Chimie des Protéines, laboratoire du CNRS associé à l'Université de Lyon et pratiquant une recherche pluridisciplinaire, a notamment développé le logiciel ANTHEPROT (ANalyse THEorique des PROTéines) qui permet de manipuler et d'analyser des modèles tridimensionnels de la structure des protéines.
Par spectroscopie RMN, il est possible de déterminer la distance séparant les atomes à l'intérieur de la molécule (comme celle qui a été identifiée grâce à des travaux réalisés à l'IBCP sur des bactéries) et, par la suite, en utilisant des outils informatiques du type d'ANTHEPROT, de reconstruire la structure spatiale de la protéine.
La molécule étudiée peut aussi être comparée à d'autres protéines répertoriées dans des banques de données internationales, accessibles par le réseau Internet.
Le va-et-vient est ainsi constant entre expérimentation et théorie, entre éprouvette et chimie virtuelle sur ordinateur.