L'interférence ARN, l'arme de protection naturelle des drosophiles contre les conflits génomiques

Drosophiles anesthésiées par le froid. Les drosophiles sont des organismes ectothermes (elles ne produisent pas de chaleur, leur température dépend des sources de chaleur extérieures). Le froid ralentit leur activité, jusqu'à les anesthésier. Cela permet de les manipuler facilement, notamment pour les trier par sexe. Les expérimentations et les analyses sont réalisées séparément chez les mâles et les femelles car les mécanismes de contrôle des éléments transposables (fragments d'ADN) sont…

Élevage de drosophiles "Drosophila melanogaster" et "Drosophila simulans". Ces espèces sont élevées facilement et rapidement (les générations se renouvellent toutes les deux à trois semaines), dans des étuves où la température, l’humidité et l’éclairage sont précisément contrôlés. Leur étude en laboratoire permet de tester le rôle de différents éléments du génome qui réagissent face aux infections virales. Elles sont placées dans des tubes contenant un milieu nutritif qui sert à leur…

Étuve contenant les élevages de drosophiles "Drosophila melanogaster" et "Drosophila simulans". Ces espèces de drosophile sont élevées facilement et rapidement (les générations se renouvellent toutes les deux à trois semaines), dans des étuves où la température, l’humidité et l’éclairage sont précisément contrôlés. Leur étude en laboratoire permet de tester le rôle de différents éléments du génome qui réagissent face aux infections virales. Les drosophiles disposent d'une arme de protection…

Élevage de drosophiles "Drosophila melanogaster" et "Drosophila simulans" en laboratoire. Ces espèces sont facilement élevées (les générations se renouvellent toutes les deux à trois semaines) dans des étuves paramétrées. Leur étude permet de tester le rôle de différents éléments du génome réagissant face aux infections virales. Elles sont placées dans des tubes contenant un milieu nutritif utile à leur alimentation, à la ponte des œufs et au développement des larves. Une fois écloses, les…

Drosophiles anesthésiées par le froid. Les drosophiles sont des organismes ectothermes (elles ne produisent pas de chaleur, leur température dépend des sources de chaleur extérieures). Le froid ralentit leur activité, jusqu'à les anesthésier. Cela permet de les manipuler facilement, notamment pour les trier par sexe. Les expérimentations et les analyses sont réalisées séparément chez les mâles et les femelles car les mécanismes de contrôle des éléments transposables (fragments d'ADN) sont…

Dissection de drosophiles sous loupe binoculaire dans une solution spécifique. Les mouches sont disposées sur une lame de verre en vue de leur dissection. Une fois les femelles identifiées, leurs ovaires sont extraits et analysés séparément du reste du corps car ils contiennent le matériel génétique et épigénétique de la génération suivante. Les ARN des ovaires provenant des femelles infectées avec un virus sont comparés avec ceux des femelles infectées avec la solution contrôle. Les…

Dissection d'une drosophile femelle infectée par l'iridovirus de type 6 (IIV6). Au bout de quelques jours, les drosophiles infectées prennent une coloration iridescente, témoignant de la réplication du virus. Les ovaires des femelles (gros sacs blanchâtres contenant les œufs) sont ensuite disséqués pour être analysés séparément. En effet, leur étude présente un intérêt particulier en évolution car ces organes contiennent le matériel génétique et épigénétique de la génération suivante. Les…

Conservation à -80 °C des stocks viraux et ARN interférents extraits des tissus disséqués des drosophiles. Les ARN sont des molécules très réactives qui sont rapidement dégradées à température ambiante. Dès que les ARN ont été extraits des tissus disséqués des drosophiles, ils sont placés à -80 °C en attendant l’étape suivante de séquençage. Les drosophiles disposent d'une arme de protection naturelle, l’interférence ARN, qui permet de se défendre à la fois contre les infections virales, et…

Préparation du milieu d'élevage des drosophiles. Les différentes espèces et lignées de drosophiles sont élevées facilement et rapidement (les générations se renouvellent toutes les deux à trois semaines) en laboratoire. Le milieu d'élevage dans lequel les drosophiles sont placées est préparé à partir de farine de maïs, agar, extraits de levure, nipagine et éthanol. Il est chauffé et mixé afin d’être distribué dans les tubes qui recevront les mouches. Ce milieu sert à les alimenter, à la ponte…

Tubes contenant le milieu d'élevage des drosophiles. Les différentes espèces et lignées de drosophiles sont élevées facilement et rapidement (les générations se renouvellent toutes les deux à trois semaines) en laboratoire. Le milieu d'élevage dans lequel les drosophiles sont placées est préparé à partir de farine de maïs, agar, extraits de levure, nipagine et éthanol. Il est chauffé et mixé afin d’être distribué dans les tubes qui recevront les mouches. Ce milieu sert à les alimenter, à la…

Injection de dioxyde de carbone dans un tube pour anesthésier les drosophiles, afin de réaliser une infection virale. Le contrôle du débit de l’anesthésiant est réalisé à l’aide d’une pédale à pied. Ce dispositif expérimental permet une manipulation plus fine des drosophiles, requise pour la délicate étape d’infection virale. Les drosophiles disposent d'une arme de protection naturelle, l’interférence ARN, qui permet de se défendre à la fois contre les infections virales, et contre les éléments…

Injection de dioxyde de carbone dans un tube pour anesthésier les drosophiles, afin de réaliser une infection virale. Le contrôle du débit de l’anesthésiant est réalisé à l’aide d’une pédale à pied. Ce dispositif expérimental permet une manipulation plus fine des drosophiles, requise pour la délicate étape d’infection virale. Les drosophiles disposent d'une arme de protection naturelle, l’interférence ARN, qui permet de se défendre à la fois contre les infections virales, et contre les éléments…

Infection virale réalisée sur des drosophiles. Avant de réaliser cette infection virale, du dioxyde de carbone est injecté dans les tubes contenant les mouches de façon à les anesthésier. Ensuite, les infections virales sont réalisées en piquant les drosophiles avec une aiguille d’acier anodisée très fine, plongée au préalable dans une solution contenant le virus IIV6 (iridovirus de type 6). Les drosophiles sont ensuite replacées dans leur tube d’élevage et se réveillent rapidement après l…

Analyse des données de séquençage d’ARN interférents récoltées après la dissection de drosophiles. De par leur taille immense, l’analyse de ces données demande de grandes ressources informatiques. L'analyse est rendue possible grâce à une plateforme de bio-informatique (PRABI-AMSB "Plateforme d’Analyse et Modélisation des Systèmes Biologiques") qui propose une mise à disposition de moyens de calcul et de stockage pour la bio-informatique. Les drosophiles disposent d'une arme de protection…

Analyse statistique et stockage des données récoltées après la dissection de drosophiles. Le séquençage haut débit des ARN interférents génère des millions de séquences, appelées lectures. Ces dernières sont analysées grâce à des outils bio-informatiques dédiés capables d'analyser, de calculer et de stocker les nombreuses données récoltées sur les drosophiles. L'analyse statistique des résultats permet d'établir l'impact des infections virales sur l'expression du génome des drosophiles et des…