Génomique Métabolique

Salle des thermocycleurs ou machines PCR (polymerase chain réaction). Les banques préparées à partir des échantillons d'ADN fragmentés peuvent être amplifiées dans ces machines, avant leur dépôt sur les séquenceurs. Genoscope, plateforme nationale de séquençage.

Nettoyage d'une lame "flow cell" avec de l'eau déionisée et autoclavée, avant son installation sur un séquenceur haut-débit. Genoscope, plateforme nationale de séquençage.

Installation d'une lame "flow cell" ayant déjà été utilisée, afin d'effectuer des vérifications fluidiques avant le lancement d'un processus complet, ou "run", sur un séquenceur haut-débit (HiSeq 2000 Illumina). Genoscope, plateforme nationale de séquençage.

Installation d'une lame "flow cell" ayant déjà été utilisée, afin d'effectuer des vérifications fluidiques avant le lancement d'un processus complet, ou "run", sur un séquenceur haut-débit (HiSeq 2000 Illumina). Genoscope, plateforme nationale de séquençage.

Séquenceur (MiSeq Illumina) permettant de générer, sur une lame "flow cell" à une piste, jusqu'à 8 gigabases d'ADN en seulement 40h. Genoscope, plateforme nationale de séquençage.

Salle des thermocycleurs ou machines PCR (polymerase chain réaction). Les banques préparées à partir des échantillons d'ADN fragmentés peuvent être amplifiées dans ces machines, avant leur dépôt sur les séquenceurs. Genoscope, plateforme nationale de séquençage.

"Flow cell", lame de verre sur laquelle les molécules d'ADN ont été fixées et amplifiées de façon clonale. Cette lame à 8 pistes sera ensuite insérée dans un séquenceur à haut débit (HiSeq2000 Illumina). Genoscope, plateforme nationale de séquençage.

Nettoyage d'une lame "flow cell" avec de l'eau déionisée et autoclavée, avant son installation sur un séquenceur haut-débit. Genoscope, plateforme nationale de séquençage.

Appareil permettant la fragmentation d'échantillons d'ADN par ultrasons (sonication). Une plaque contenant différents échantillons d'ADN extraits d'organismes différents est déposée dans cet appareil. L'objectif est d'obtenir pour chaque échantillon, des fragments d'ADN de taille compatible avec les différents types de banques à réaliser en vue de leur séquençage. Genoscope, plateforme nationale de séquençage.

Pilotage par ordinateur d'un apppareil permettant la fragmentation d'échantillons d'ADN par ultrasons (sonication). Une plaque contenant différents échantillons d'ADN extraits d'organismes différents est déposée dans cet appareil. L'objectif est d'obtenir pour chaque échantillon, des fragments d'ADN de taille compatible avec les différents types de banques à réaliser en vue de leur séquençage. Genoscope, plateforme nationale de séquençage.

Rack contenant les réactifs permettant le séquençage et le retournement des molécules, lors du séquençage en "paired end" (à partir des deux extrémités du fragment d'ADN). Il est installé sur un séquenceur haut-débit HiSeq 2000 Illumina qui permet de réaliser en 3 à 11 jours le séquençage des molécules d'ADN, préalablement fixées et amplifiées sur une lame de verre. Genoscope, plateforme national de séquençage.

Installation dans un automate (cBbot) d'une barrette à 8 puits, contenant des échantillons d'ADN à séquencer. Cet appareil permet l'hybridation des molécules d'ADN sur une lame "flow cell" et la génération de clusters clonaux à partir d'une molécule d'ADN. Cette étape est préparatoire au séquençage qui sera ensuite réalisé dans un séquenceur haut-débit. Genoscope, plateforme nationale de séquençage.

Installation d'une lame "flow cell" dans un automate (cBbot). Il permet l'hybridation des molécules d'ADN fixées sur cette lame et leur amplification clonale en cluster. Cette étape est préparatoire au séquençage qui sera ensuite réalisé dans un séquenceur haut-débit. Genoscope, plateforme nationale de séquençage.

Automate permettant la purification par "Ampure" (au moyen de billes magnétiques) des banques d'ADN amplifiées. Les banques ainsi purifiées seront ensuite séquencées. Genoscope, plateforme nationale de séquençage.

Visualisation de la position des réactifs à installer sur un séquenceur haut-débit (HiSeq 2000 Illumina). Ce séquenceur permet de réaliser en 3 à 11 jours, le séquençage des molécules d'ADN préalablement fixées et amplifiées sur une lame de verre. Genoscope, plateforme national de séquençage.

Mise en place d'une lame "flow cell" dans un séquenceur haut-débit (HiSeq 2000 Illumina). C'est une lame de verre sur laquelle est fixé l'ADN qui va être séquencé. La réalisation d'un processus complet par la machine, ou "run", dure de 3 à 11 jours selon le type de séquençage demandé. Genoscope, plateforme national de séquençage.

Installation d'une lame "flow cell" sur un séquenceur haut-débit (HiSeq 2000 Illumina) et maintien sous vide sur le support. Le curseur est vert et en position 2, cela indique que le vide est bien maintenu et que le séquençage peut démarrer. Le maintien sous vide fait en sorte que la lame soit bien plaquée contre le support et que les réactifs puissent bien passer dedans en évitant toute fuite. Ce séquenceur haut-débit permet de réaliser en 3 à 11 jours le séquençage des molécules d'ADN…

Appareil permettant la fragmentation d'échantillons d'ADN par ultrasons (sonication). Une plaque contenant différents échantillons d'ADN extraits d'organismes différents est déposée dans cet appareil. L'objectif est d'obtenir pour chaque échantillon, des fragments d'ADN de taille compatible avec les différents types de banques à réaliser en vue de leur séquençage. Genoscope, plateforme nationale de séquençage.

Ecran de suivi du séquençage des échantillons dans un séquenceur haut-débit (HiSeq 2000 Illumina). Vérification des paramètres d'un processus complet, ou "run", pour une lame "flow cell" sur laquelle est fixé l'ADN qui va être séquencé. Genoscope, plateforme nationale de séquençage.

Installation d'un manifold par-dessus une lame "flow cell", dans un automate (cBbot). Ce dernier permet l'hybridation et la génération de clusters clonaux, à partir d'une molécule d'ADN. Les capillaires vont amener par aspiration les réactifs vers la flow cell. Cette étape est préparatoire au séquençage sur séquenceur haut-débit. Genoscope, plateforme nationale de séquençage.

Capillaires d'un manifold installé par-dessus une lame "flow cell", dans un automate (cBbot). Les capillaires, une fois plongés dans la plaque de réactifs, vont amener par aspiration vers la flow cell, les réactifs nécessaires à la génération de clusters clonaux à partir d'une molécule d'ADN. Cette étape est préparatoire au séquençage sur séquenceur haut-débit. Genoscope, plateforme nationale de séquençage.

Rack contenant les réactifs permettant le séquençage et le retournement des molécules, lors du séquençage en "paired end" (à partir des deux extrémités du fragment d'ADN). Il est installé sur un séquenceur haut-débit HiSeq 2000 Illumina qui permet de réaliser en 3 à 11 jours le séquençage des molécules d'ADN, préalablement fixées et amplifiées sur une lame de verre. Genoscope, plateforme national de séquençage.

Installation d'une lame "flow cell", sur laquelle est fixé l'ADN, sur un séquenceur (MiSeq Illumina). Ce séquenceur permet de générer, sur une "flow cell" à une piste, jusqu'à 8 gigabases d'ADN en seulement 40h. Genoscope, plateforme nationale de séquençage.

Installation d'une plaque de réactifs dans un automate (cBbot). Il permet l'hybridation des molécules d'ADN fixées sur une lame "flow cell" et leur amplification clonale en cluster. Cette étape est préparatoire au séquençage qui sera ensuite réalisé dans un séquenceur haut-débit. Genoscope, plateforme nationale de séquençage.

Mise en place d'une lame "flow cell" dans un séquenceur haut-débit (HiSeq 2000 Illumina). C'est une lame de verre sur laquelle est fixé l'ADN qui va être séquencé. La réalisation d'un processus complet, ou "run", dure de 3 à 11 jours selon le type de séquençage demandé. Genoscope, plateforme national de séquençage.