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Mise en place d'une lame "flow cell" dans un séquenceur haut-débit (HiSeq 2000 Illumina). C'est une lame de verre sur laquelle est fixé l'ADN qui va être séquencé. La réalisation d'un processus complet par la machine, ou "run", dure de 3 à 11 jours selon le type de séquençage demandé. Genoscope, plateforme national de séquençage.

Installation d'une lame "flow cell" ayant déjà été utilisée, afin d'effectuer des vérifications fluidiques avant le lancement d'un processus complet, ou "run", sur un séquenceur haut-débit (HiSeq 2000 Illumina). Genoscope, plateforme nationale de séquençage.

Installation d'une lame "flow cell" sur un séquenceur haut-débit (HiSeq 2000 Illumina) et maintien sous vide sur le support. Le curseur est vert et en position 2, cela indique que le vide est bien maintenu et que le séquençage peut démarrer. Le maintien sous vide fait en sorte que la lame soit bien plaquée contre le support et que les réactifs puissent bien passer dedans en évitant toute fuite. Ce séquenceur haut-débit permet de réaliser en 3 à 11 jours le séquençage des molécules d'ADN…

Rack contenant les réactifs permettant le séquençage et le retournement des molécules, lors du séquençage en "paired end" (à partir des deux extrémités du fragment d'ADN). Il est installé sur un séquenceur haut-débit HiSeq 2000 Illumina qui permet de réaliser en 3 à 11 jours le séquençage des molécules d'ADN, préalablement fixées et amplifiées sur une lame de verre. Genoscope, plateforme national de séquençage.

Pilotage par ordinateur d'un apppareil permettant la fragmentation d'échantillons d'ADN par ultrasons (sonication). Une plaque contenant différents échantillons d'ADN extraits d'organismes différents est déposée dans cet appareil. L'objectif est d'obtenir pour chaque échantillon, des fragments d'ADN de taille compatible avec les différents types de banques à réaliser en vue de leur séquençage. Genoscope, plateforme nationale de séquençage.

Appareil permettant la fragmentation d'échantillons d'ADN par ultrasons (sonication). Une plaque contenant différents échantillons d'ADN extraits d'organismes différents est déposée dans cet appareil. L'objectif est d'obtenir pour chaque échantillon, des fragments d'ADN de taille compatible avec les différents types de banques à réaliser en vue de leur séquençage. Genoscope, plateforme nationale de séquençage.

Installation d'une lame "flow cell" ayant déjà été utilisée, afin d'effectuer des vérifications fluidiques avant le lancement d'un processus complet, ou "run", sur un séquenceur haut-débit (HiSeq 2000 Illumina). Genoscope, plateforme nationale de séquençage.

Mise en place d'une lame "flow cell" dans un séquenceur haut-débit (HiSeq 2000 Illumina). C'est une lame de verre sur laquelle est fixé l'ADN qui va être séquencé. La réalisation d'un processus complet, ou "run", dure de 3 à 11 jours selon le type de séquençage demandé. Genoscope, plateforme national de séquençage.

Nettoyage d'une lame "flow cell" avec de l'eau déionisée et autoclavée, avant son installation sur un séquenceur haut-débit. Genoscope, plateforme nationale de séquençage.

Visualisation de la position des réactifs à installer sur un séquenceur haut-débit (HiSeq 2000 Illumina). Ce séquenceur permet de réaliser en 3 à 11 jours, le séquençage des molécules d'ADN préalablement fixées et amplifiées sur une lame de verre. Genoscope, plateforme national de séquençage.

"Flow cell", lame de verre sur laquelle les molécules d'ADN ont été fixées et amplifiées de façon clonale. Cette lame à 8 pistes sera ensuite insérée dans un séquenceur à haut débit (HiSeq2000 Illumina). Genoscope, plateforme nationale de séquençage.

Salle des thermocycleurs ou machines PCR (polymerase chain réaction). Les banques préparées à partir des échantillons d'ADN fragmentés peuvent être amplifiées dans ces machines, avant leur dépôt sur les séquenceurs. Genoscope, plateforme nationale de séquençage.

Rack contenant les réactifs permettant le séquençage et le retournement des molécules, lors du séquençage en "paired end" (à partir des deux extrémités du fragment d'ADN). Il est installé sur un séquenceur haut-débit HiSeq 2000 Illumina qui permet de réaliser en 3 à 11 jours le séquençage des molécules d'ADN, préalablement fixées et amplifiées sur une lame de verre. Genoscope, plateforme national de séquençage.

Capillaires d'un manifold installé par-dessus une lame "flow cell", dans un automate (cBbot). Les capillaires, une fois plongés dans la plaque de réactifs, vont amener par aspiration vers la flow cell, les réactifs nécessaires à la génération de clusters clonaux à partir d'une molécule d'ADN. Cette étape est préparatoire au séquençage sur séquenceur haut-débit. Genoscope, plateforme nationale de séquençage.

Nettoyage d'une lame "flow cell" avec de l'eau déionisée et autoclavée, avant son installation sur un séquenceur haut-débit. Genoscope, plateforme nationale de séquençage.

Installation d'une lame "flow cell" dans un automate (cBbot). Il permet l'hybridation des molécules d'ADN fixées sur cette lame et leur amplification clonale en cluster. Cette étape est préparatoire au séquençage qui sera ensuite réalisé dans un séquenceur haut-débit. Genoscope, plateforme nationale de séquençage.

Installation dans un automate (cBbot) d'une barrette à 8 puits, contenant des échantillons d'ADN à séquencer. Cet appareil permet l'hybridation des molécules d'ADN sur une lame "flow cell" et la génération de clusters clonaux à partir d'une molécule d'ADN. Cette étape est préparatoire au séquençage qui sera ensuite réalisé dans un séquenceur haut-débit. Genoscope, plateforme nationale de séquençage.

Installation d'une plaque de réactifs dans un automate (cBbot). Il permet l'hybridation des molécules d'ADN fixées sur une lame "flow cell" et leur amplification clonale en cluster. Cette étape est préparatoire au séquençage qui sera ensuite réalisé dans un séquenceur haut-débit. Genoscope, plateforme nationale de séquençage.

Installation d'une lame "flow cell", sur laquelle est fixé l'ADN, sur un séquenceur (MiSeq Illumina). Ce séquenceur permet de générer, sur une "flow cell" à une piste, jusqu'à 8 gigabases d'ADN en seulement 40h. Genoscope, plateforme nationale de séquençage.

Ecran de suivi du séquençage des échantillons dans un séquenceur haut-débit (HiSeq 2000 Illumina). Vérification des paramètres d'un processus complet, ou "run", pour une lame "flow cell" sur laquelle est fixé l'ADN qui va être séquencé. Genoscope, plateforme nationale de séquençage.

Appareil permettant la fragmentation d'échantillons d'ADN par ultrasons (sonication). Une plaque contenant différents échantillons d'ADN extraits d'organismes différents est déposée dans cet appareil. L'objectif est d'obtenir pour chaque échantillon, des fragments d'ADN de taille compatible avec les différents types de banques à réaliser en vue de leur séquençage. Genoscope, plateforme nationale de séquençage.

Séquenceur (MiSeq Illumina) permettant de générer, sur une lame "flow cell" à une piste, jusqu'à 8 gigabases d'ADN en seulement 40h. Genoscope, plateforme nationale de séquençage.

Automate permettant la purification par "Ampure" (au moyen de billes magnétiques) des banques d'ADN amplifiées. Les banques ainsi purifiées seront ensuite séquencées. Genoscope, plateforme nationale de séquençage.

Salle des thermocycleurs ou machines PCR (polymerase chain réaction). Les banques préparées à partir des échantillons d'ADN fragmentés peuvent être amplifiées dans ces machines, avant leur dépôt sur les séquenceurs. Genoscope, plateforme nationale de séquençage.

Installation d'un manifold par-dessus une lame "flow cell", dans un automate (cBbot). Ce dernier permet l'hybridation et la génération de clusters clonaux, à partir d'une molécule d'ADN. Les capillaires vont amener par aspiration les réactifs vers la flow cell. Cette étape est préparatoire au séquençage sur séquenceur haut-débit. Genoscope, plateforme nationale de séquençage.

Dépôt d'échantillons d'ADN sur gel d'électrophorèse. Les molécules d'ADN migrent vers la cathode et sont séparées selon leur taille dans le gel. Un colorant, comme le bromure d'éthidium, permet de voir l'ADN sous les UV.

Dépôt d'échantillons d'ADN sur gel d'électrophorèse. Les molécules d'ADN migrent vers la cathode et sont séparées selon leur taille dans le gel. Un colorant, comme le bromure d'éthidium, permet de voir l'ADN sous les UV.

Plaques de culture de 384 puits. Chaque puits contient un clone bactérien ayant intégré un des fragments de la molécule d'ADN à séquencer. La culture de ces bactéries permet d'obtenir chacun de ces fragments d'ADN en grande quantité pour la réaction de séquençage. Cette "collection" de fragments s'appelle une "banque d'ADN génomique". C'est le résultat final de l'étape de clonage dans la production de séquence d'ADN.

Dépôt d'échantillons d'ADN sur gel d'électrophorèse. Les molécules d'ADN migrent vers la cathode et sont séparées selon leur taille dans le gel. Un colorant, comme le bromure d'éthidium, permet de voir l'ADN sous les UV.

Tête de 96 aiguilles utilisée par le robot pour prélever des colonies bactériennes selon la sélection "blanc-bleu". Seules les colonies blanches, qui ont intégré un fragment d'ADN à séquencer, sont prélevées et mises à "pousser" dans des plaques de culture.

Nappe de 384 capillaires d'un séquenceur. Chacun des fils est un fin capillaire dans lequel migrent les produits de séquençage. Pour chaque fragment d'ADN, les produits de séquençage sont séparés par ordre de taille, comme dans une électrophorèse classique sur gel. La dernière base, marquée par un fluorophore spécifique, est enfin excitée par le laser du séquenceur. La longueur d'onde alors émise, qui détermine la nature de cette base, est lue par le séquenceur et retranscrite dans un…

Spectrophotomètre de masse haute résolution couplée à une HPLC (chromatographie en phase liquide à haute performance - LTQ) pour détecter des métabolites à partir de mélanges biologiques complexes. Manipulation de la source d'ionisation de l'appareil. Recherches effectuées en génomique métabolique dont une des applications est l'inventaire des fonctions métaboliques d'une bactérie.

Robot participant à la production de séquences d'ADN, utilisé pour le réarrangement de plaques de cultures 96 ou 384 puits, pour le repiquage de colonies bactériennes sur boîte de Pétri et pour la fabrication de membranes haute densité (hybridations pour la cartographie). Le robot possède une tête, articulée par un bras mécanique, de 96 (ou de 384) aiguilles indépendantes qui peuvent prélever des colonies bactériennes et les déposer sur divers supports comme des plaques de cultures, membranes.

Dépôt d'échantillons d'ADN sur gel d'électrophorèse. Les molécules d'ADN migrent vers la cathode et sont séparées selon leur taille dans le gel. Un colorant, comme le bromure d'éthidium, permet de voir l'ADN sous les UV.

Spectrophotomètre de masse haute résolution couplée à une HPLC (chromatographie en phase liquide à haute performance - LTQ) pour détecter des métabolites à partir de mélanges biologiques complexes. Recherches effectuées en génomique métabolique dont une des applications est l'inventaire des fonctions métaboliques d'une bactérie.

Robot participant à la production de séquences d'ADN, utilisé pour le réarrangement de plaques de cultures 96 ou 384 puits, pour le repiquage de clones bactériens sur boîte de Pétri et pour la fabrication de membranes haute densité (hybridations pour la cartographie). Le robot possède une tête, articulée par un bras mécanique, de 96 (ou de 384) aiguilles indépendantes qui peuvent prélever des clones bactériens et les déposer sur divers supports comme des plaques de cultures, des membranes.

Séquenceur à capillaires ouvert. A gauche, les réservoirs de tampon, au centre, en noir, se trouve le laser et à droite, la nappe de 384 capillaires dans lesquels migrent les produits de la réaction de séquençage d'ADN.

Tête de 96 aiguilles utilisée par le robot pour prélever des colonies bactériennes selon la sélection "blanc-bleu". Seules les colonies blanches, qui ont intégré un fragment d'ADN à séquencer, sont prélevées et mises à "pousser" dans des plaques de culture.

Genoscope. Centre national de séquençage. La sélection blanc/bleu permet de repérer les colonies bactériennes ayant reçu un fragment de l'ADN à séquencer (colonies blanches) parmi celles qui n'en ont pas reçu (colonies bleues).

Genoscope. Centre national de séquençage. Repiquage manuel des colonies bactériennes.

Découpe d'une bande de gel contenant les fragments d'une certaine taille de l'ADN à séquencer. Ces fragments seront insérés dans un "vecteur" avec lequel on transformera la bactérie qui les multipliera.

Chacune des 96 pointes de ce robot prélève une colonie bactérienne ayant intégré un fragment de l'ADN à séquencer et l'inocule dans une plaque 96 puits remplie de milieu nutritif. Ces plaques sont mises ensuite à pousser pour multiplier chacun des clones et donc, in fine, multiplier les copies de chacun des fragments de l'ADN à séquencer. L'ensemble de ces clones constitue la "banque" d'ADN du Genoscope.

Genoscope. Centre national de séquençage. Plaques de cultures pouvant recevoir 96 clones bactériens différents.

Robot pipeteur utilisé pour préparer l'ADN avant la réaction de séquençage. Etape de réalisation de la matrice.

Robot pipeteur utilisé pour préparer l'ADN avant la réaction de séquençage. Etape de réalisation de la matrice.

Robot pipeteur utilisé pour la distribution des réactifs de la réaction de séquençage dans les plaques contenant les fragments d'ADN à séquencer.

Découpe d'une bande de gel contenant les fragments d'une certaine taille de l'ADN à séquencer. Ces fragments seront insérés dans un "vecteur" avec lequel on transformera la bactérie qui les multipliera.

Salle des séquenceurs. Les produits issus de la réaction de séquençage de l'ADN sont séparés en fonction de leur taille par électrophorèse dans un des 96 ou 394 capillaires du séquenceur.